O campeonato será disputado em seis fases:
1ª Fase: os quarenta clubes, divididos em dez grupos de quatro clubes cada, jogam entre si em turno e returno, dentro de cada grupo, classificando-se os dois primeiros lugares em cada grupo para a fase seguinte;
2ª Fase: os vinte clubes classificados na 1ª fase, divididos em dez grupos de dois clubes cada, jogam entre si em ida e volta, dentro de cada grupo, classificando-se os clubes vencedores de cada grupo para a fase seguinte;
3ª Fase: os dez clubes classificados na 2ª fase, divididos em cinco grupos de dois clubes cada, jogam entre si em ida e volta dentro de cada grupo, classificando-se os clubes vencedores de cada grupo e mais os três clubes melhores classificados como segundos dentre os disputantes da 3ª fase;
4ª Fase: os oito clubes classificados na 3ª fase, divididos em quatro grupos de dois clubes cada, jogam entre si em ida e volta, dentro de cada grupo, classificando-se os vencedores de cada grupo para a fase seguinte;
5ª Fase: os quatro clubes classificados na 4ª fase, divididos em dois grupos de dois clubes cada, jogam entre si em ida e volta, dentro de cada grupo, classificando-se os vencedores de cada grupo para a fase seguinte;
6ª Fase: os dois clubes classificados na 5ª fase jogam entre si em ida e volta, decidindo o título de Campeão Brasileiro da Série D de 2009.
Grupos
Grupo A1
AC – 1
Nacional – AM
RO – 1
RR – 1
Grupo A2
Cristal – AP
Moto Club – MA
São Raimundo – PA
Tocantins – TO
Grupo A3
CE – 1
Sousa – PB
PI – 1
Assu – RN
Grupo A4
AL – 1
Porto – PE
Santa Cruz – PE
Sergipe – SE
Grupo A5
Atlético – BA
Fluminense de Feira – BA
ES – 1
Macaé – RJ
Grupo A6
Tupi – MG
Friburguense – RJ
Madureira – RJ
Paulista – SP
Grupo A7
Uberaba – MG
Uberlândia – MG
Ituano – SP
Mirassol – SP
Grupo A8
Brasília – DF
CRAC – GO
GO – 2
Araguaia – MT
Grupo A9
Naviraiense – MS
Londrina – PR
Ypiranga – RS
Chapecoense – SC
Grupo A10
J. Malucelli – PR
Pelotas – RS
São José – RS
Brusque – SC
O THIAGO TA FALANDO ISSO POR QUE O BACABAL AREBENTOU NA SERIE C.
TA DE BRINCADEIRA THIAGO.
CONCORDO COM O RAIMUNDO,MAS NA MINHA OPINIÃO (TALVEZ) O SÃO RAIMUNDO É FAVORITO PQ O PARAZÃO TEM UM NIVEL TÉCNICO MELHOR Q O NOSSO.
O MOTO Ñ VAI GANHAR UMA NA SÉRIE D. VAI SER O SACO DE PANCADA DO GRUPO. IGUAL OS TRICOLOR NA SÉRIE C.HAHAHAHAHAHAHAHHAHAHA AS VERGONHAS DO MARANHÃO. FÚRIA DO MEARIM “A MAIOR DO MARANHÃO”.
Apesar da torcida rival dizer q o moto esta no lixão, rifugo,fim de linha etc…etc… se v q nessa competição tem clubes tradicionais como LONDRINA, STA. CRUZ , MADUREIRA, NACIONAL-AM além de BRASILIA e S. RAIMUNDO-PA q são vices em seus estados; c/ sinceridade , ñ é q tou com medo ,é q com esse amadorismo todo e o mêdo de arriscar { pé no chão} eu ñ tenho a menor dúvida, vai ser + uma mera participação , começa pela diretoria; a competição é tão fácil q o moto chega a ser favorito no grupo A2. mesmo com esse time . A torcida espera q essa crise de resultados seja so 1 período, e o time retome o caminho da seriedade nas competições, principalmente nessa [ NACIONAL] em q a torcida já espera ha anos. QUEREMOS O TITULO!!!.